由来書によると「創建された年については諸説ありますが、一説には延久２年（1070）３月のある夜、菊池肥後守則隆公（きくちひごのかみのりたかこう、菊池氏の初代）の霊夢に菅原道眞公が現れ、託宣によって筑前國太宰府安楽寺天満宮（現在の太宰府天満宮）より肥後國詫磨郡白川のほとり南領森本（もりのもと）に勧請されたとあります。

菅原山天満宮と号された当社は社殿を建立され、崇敬篤く奉斎されました。やがて山崎村近辺の田畑を寄進され、その地に遷座されました。江戸時代の地図には現在の鎮座地よりやや西（現在の桜橋南岸附近）に鎮座されていたことが記されています。また、地図には天神丁や山崎天神丁といった町名も記されています。

当社は肥後熊本藩の初代藩主 細川忠利公の尊崇も篤く、社頭の額並びに神前の松が寄進され、外塀も修復されました。安永８年（1779）には６代藩主 細川重賢公により再興されました。また、幕末の国学者として知られる林櫻園（はやしおうえん）は、１日も欠かすことなく当社を参拝していたと伝えられています。」